La Agencia Nacional de Regulación, Control y Vigilancia Sanitaria (Arcsa) mantiene los controles a farmacias y botiquines para verificar que se cumpla la normativa correspondiente a estos establecimientos, el respeto a los turnos establecidos por el COE (Comité de Operaciones de Emergencia) nacional, y que el etiquetado de los productos cuente con Registro Sanitario ecuatoriano.
Además, en los controles los técnicos verifican que las farmacias vendan antibióticos, antigripales y analgésicos solo con receta médica; para esto revisan el archivo de las recetas y las facturas de venta de medicamentos sujetos a esta restricción.

Junto a la Intendencia de Policía de Manabí se han realizado controles para verificar que no haya especulación de precios de medicamentos y que exista el abastecimiento suficiente para satisfacer la demanda de la ciudadanía.

Los técnicos de Arcsa que están acogidos a la modalidad de teletrabajo han realizado más de 2.700 llamadas a propietarios de farmacias, indicándoles los lineamientos para su trabajo durante la emergencia sanitaria.